Le mieux est d'avoir le système d'amorçage sur carte SD, et un disque externe pour le stockage. J'ai eu plusieurs cartes SD qui se sont corrompues (c'est une technologie assez fragile), du coup si tu as tout sur SD tu perds également tes données (même si tu auras bien entendu des sauvegardes à disposition). De plus, il est plus aisé de sauvegarder le système d'amorçage si tu l'as sur par exemple une carte de 16 Go, tu fais périodiquement un dump avec DD sur ton PC, et en cas de crash tu recopies le dump sur une nouvelle carte SD et tu remontes ton serveur en moins de 20 minutes.
Je pense que le delta d'économie d'énergie entre une carte sd et un disque externe sera négligeable, 1A de différence sur 5V cela fera une "surconsommation" de 24 x 5W soit 0,12 kW/h par jour soit dans les 45 kw/h par an, soit moins de 7 € avec un prix de 0,15 € par kW/h, et encore j'ai considéré qu'il fallait 1A de plus mais c'est peut-être moins que ça. J'ai une alim de 3,5A sur un boîtier raspberry pi + disque intégré, là où j'ai une alim de 2,5A sur mon raspberry pi seul.
La batterie intégrée me semble inutile, si tu as une coupure de courant chez toi, ta box et donc ton réseau ne fonctionneront pas non plus (et ça consommera sans doute plus de l'avoir). Et si ça coupe ponctuellement, vu que le raspberry pi sera branché en permanence, lorsque le courant reviendra le système redémarrera automatiquement. Tu peux éventuellement utiliser un onduleur, mais ça me semble disproportionné vu le prix d'un raspberry pi.